با توجه به اینکه مدیر عامل شرکت صنعت قلم بیستون هیات علمی دانشگاههای رسمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است، بخش مهمی از فعالیت های پژوهشی شرکت در زمینه های پژوهش های بنیادین و توسعه ای انجام می شود. تعدادی از این پژوهش ها به صورت قراردادهای ارتباط با صنعت برای رفع نیازمندی های مجموعه های مختلف دولتی و خصوصی در حال اجرا می باشند. تعدادی از این زمینه ها عبارتند از:

شبکه های کامپیوتری و ارتباطات

امنیت شبکه های کامپیوتری

محاسبات (ریاضیات فازی، الگوریتم های ژنتیک، بهینه سازی)

پردازش تصویر هوشمند

هوش مصنوعی (الگوریتم های و روش های یادگیری  مبتنی بر شبکه های عصبی)